Die Entstehung von „Hole Punch Clouds“ ist nicht bis ins Detal erklärt. Die gängige Theorie besagt, dass die Wassermoleküle sich an Eiskristalle anheften oder entsprechend an dieser Stelle kristallisieren und allmählich nach unten sinken. So entsteht in der Wolkendecke ein Loch. Dieses entsteht nahezu immer kreisrund.